Βασικό χαρακτηριστικό του Whisper είναι ότι επιτρέπει στους χρήστες να λένε ότι θέλουν διατηρώντας την ανωνυμία τους.

Η λειτουργία του έχει ως εξής:
Ο χρήστης γράφει το κείμενο του, στο οποίο η εφαρμογή θα ταιριάξει αυτόματα μια εικόνα. Κείμενο και εικόνα δημιουργούν μια φωτογραφία, η οποία στη συνέχεια αναρτάται σε μια δημόσια ροη πληροφοριών όπου άλλοι χρήστες μπορούν να την δουν, να της κάνουν Like ή να την σχολιάσουν. Για λόγους ευπρέπειας, κάθε ανάρτηση πριν δημοσιοποιηθεί, πρέπει να εγκριθεί από τη διαχειριστική ομάδα του Whisper ενώ ανά περιόδους η εφαρμογή μπορεί να δεχθεί πάνω από 20 δημοσιεύσεις το δευτερόλεπτο.

Για να διατηρηθεί η ανωνυμία των χρηστών, το Whisper, σε αντίθεση με τα υπόλοιπα κοινωνικά δίκτυα, δεν αποθηκεύει πληροφορίες του χρήστη όπως το ονοματεπώνυμό του, το e-mail του ή τα τηλέφωνα του, διατηρώντας έτσι μυστική την ταυτότητα του χρήστη. Η διανομή της εφαρμογής είναι δωρεάν.